Teknologi

Hvordan Crowdfunding og open source research vil bekjempe kreft

Isaac Yonemoto Project Marilyn kreftforskning

Kilde: Indysci.org

Hva betyr en åpen kildekode-forskningstilnærming for kreft? Hvordan vil crowdfunding bidra til å utvikle bedre medisiner raskere? Hvordan vil det å gjøre dataene til et forskningsprosjekt tilgjengelig for alle åpne nye veier for forskning og innovasjon? En kjemiker som har skrevet programvare siden barndommen, har som mål å finne ut av det.

En forsker ved navn Isaac Yonemoto bruker noen av begrepene med åpen kildekode-programvare til kreftforskning. Yonemoto påtar seg Prosjekt Marilyn , en kampanje for å utvikle et patentfritt kreftmedisin. Prosjektet gjenoppliver forskning i en kreftforbindelse kalt 9-deoksysibiromycin , or9DS, som har vist seg å være effektiv mot flere typer kreft i tidlige tester. Prosjekt Marilyn søker også å endre måten forskere og frigjør narkotika på. De prosjektforslag forklarer:

“Det sosiale målet er å demonstrere at anvendt farmasøytisk forskning kan finansieres ved hjelp av crowdfunding-modellen, og at resultatene kan bli offentliggjort, uten patentering. Til slutt er formålet med det sosiale målet å oppmuntre produsenter til å produsere medisiner billig, noe som forbedrer tilgangen til disse stoffene. ”

Sibiromycin, 9DSs morforbindelse, ble opprinnelig undersøkt på 1970-tallet av sibiriske forskere som mente at det hadde potensial for kreftbehandling. “Det er en giftig forbindelse produsert av jordbakterier og fungerer ved å arrestere DNA-replikasjon. Derfor har det potensiale som et antoterapeutisk kjemoterapeutisk middel, ” forklarer Project Marilyn-forslaget. Imidlertid fant de ut at det var kardiotoksisk, forårsaket stress i hjertet, og stoppet forskningen. Prosjekt 9DS ble utviklet av Barbara Gerratana ved University of Maryland, College Park, da hun utviklet en metode for å produsere analoger av sibiromycin uten et oksygenatom som ble antatt å forårsake kardiotoksisitet. Fjerning av oksygenmolekylet eliminerte bivirkningene, og gjorde faktisk stoffet mer effektivt.

Gerratana tok deretter en jobb med National Institute of Health, og klarte ikke å fortsette forskningen. Legemiddelfirmaer ville neppe sponset forskningen fordi hun allerede hadde publisert resultatene uten patent. Men fordi arbeidet ikke ble patentert, er det nå i det offentlige rom. Det er der Yonemoto kommer inn. 'Hvorfor lage stoffer uten patenter?' nettsiden Indysci.org spør.

“Da Salk og Sabin kurerte polio, patenterte de ikke vaksinen. Det er på tide å utvikle et patentfritt kreftmedisin for det 21. århundre. Som den farmasøytiske industrien i dag, ble programvareindustrien historisk dominert av store selskaper og proprietære kodebaser. I dag er det mest brukte operativsystemet på planeten - Android - åpen kildekode. Alle kan kopiere og skreddersy koden for å møte et bestemt behov eller forbedre kodebasen for hele samfunnet. Når du utforsker nettet, vil du se innhold og tjenester levert av eller muliggjort av åpen kildekode-prosjekter som Linux, Wikipedia, WordPress, etc. ”

Prosjekt 9DS forventes å være effektivt mot melanom, nyrekreft og trippel negativ brystkreft. Med små endringer i molekylet, kan forbindelsen også være effektiv mot flere typer kreft. Prosjektet har så langt mottatt løfter for nesten $ 15.000 av sitt $ 50.000-mål, pluss nesten $ 2.800 i Bitcoin; $ 50.000 vil finansiere prosjektet i omtrent seks måneder. I løpet av den tiden planlegger Yonemoto å produsere mer 9DS, og sende stoffet til en xenograft-studie for å måle effekten av legemidlet mot visse kreftlinjer (som vil ta form av å 'kurere kreft hos mus', som nettstedet forklarer) .

'Dette er neste trinn i medisinutvikling og et viktig trinn på vei mot kliniske (menneskelige) studier,' bemerker Yonemoto. 'Hvis vi mottar mer finansiering, vil vi legge til strekkmål, for eksempel ytterligere prekliniske eksperimenter på 9DS, utvikling av 9DS-analoger eller andre spennende antikreftideer.' Prosjektet ledet av Yonemoto og Evan Powers, medoppfinneren av stoffet Tafamidis, vil gi uavhengig gjennomgang av innsatsen. Kablet lært at Yonemoto har til hensikt å publiser dataene fra Project Marilyn åpent, muligens på GitHub, hvor utviklere rutinemessig er vert for programvare med åpen kildekode.

Kablet Robert McMillan bemerker også at Yonemotos fundraising-taktikk strider mot standardmetoden for forskning på narkotika, men representerer en tilbakevending til forskningsmetodene for medikamenter fra midten av århundre, som polio-vaksinen, som ble utviklet og distribuert uten patenter. Yonemoto sa til McMillan at 'Biologi blir mer som en datavitenskapsdisiplin,' med overgangen akselerert av teknologiske fremskritt som den datastyrte sekvenseringen av det menneskelige genomet.

hva college gikk ben roethlisberger på

Mens teknologien for å sekvensere et helt menneskelig genom bare har eksistert i omtrent 15 år, har den sterke koblingen den har dannet mellom informatikk og biologi gjort det i økende grad mulig for forskere å nærme seg medisinske forskningsprosjekter på samme måte som utviklere vil takle prosessen. av å designe et stort programvaresystem. Googles medstifter Sergey Brin ser berømt på en mutasjon i sine egne gener som en feil i sin personlige kode, og ideen om å utnytte Googles beregningsdyktighet til å drive medisinsk forskning ligger bak Googles egen forskning, som Google Xs Baseline Study, og dens støtte fra andre satsninger som Calico, som forsker på aldring, nevrodegenerative sykdommer og kreft.

Utforsker genetikk som de ville kildekoden, forskere utnytter også den lave kostnaden av ting som å sekvensere et helt menneskelig genom, som nå koster omtrent $ 1000 , som Francis de Souza, president for Illumina, en produsent av DNA-sekvenseringsmaskiner, forklarte på MIT Technology Review’s EmTech-konferanse. Han anslår at 228 000 humane genomer vil bli sekvensert i år av forskere over hele verden, og at sekvensering ofte brukes til å veilede behandlingen av ulike typer kreft. Illumina tror at markedet for høyhastighets DNA-studier kan nå 20 milliarder dollar per år, med halvparten av det knyttet til studiet av sykdommer som melanom, lungekreft eller hjernesvulster.

GeneHub er en oppstart i San Francisco som startet og deretter kansellerte en Kickstarter-kampanje å crowdfund lanseringen av en tjeneste for å tilby helgenomsekvensering til enkeltpersoner. (Kampanjen ble kansellert på grunn av varemerker fra et annet genomics-selskap som vil kreve at GeneHub rebrandes.) Oppstarten har fortsatt til hensikt å tilby den første genom-sekvenseringstjenesten tilgjengelig for alle og forklarer motivasjonen:

“I de 11 årene siden Human Genome Project ble fullført, har akademiske institusjoner gjort lite fremskritt i å forstå den fantastiske variasjonen som uttrykkes i folks genom. Vi forstår knapt hvordan genene dine gjør deg, du. Dette problemet blir ikke løst i et laboratorium med mangel på datadeling og lukket 'publiser eller fortap' -mentalitet, men ved å gi deg og andre strålende mennesker der ute tilgang til ditt eget genom og gi deg muligheten til å utforske, dele, analysere, og kontrollere ditt eget genom. “

Mens GeneHub håper å bygge en bedrift ved å tilby genom-sekvensering som en tjeneste, er dets ambisjoner også i tråd med Yonemotos ambisjoner om å gjøre medisinske data mer tilgjengelige, og åpne for forskning fra en rekke mennesker. På samme måte som utviklere gjør programvaren åpen kildekode i håp om at andre kan presse evnene videre, og i nye retninger kan det å gjøre medisinsk og genetisk forskning åpen kildekode eller allment tilgjengelig føre til viktige funn for forskere som bekjemper kreft og andre sykdommer. .

Men det er ikke før dette unike skjæringspunktet mellom biologi og informatikk overvinner noen utfordringer. En av disse er et bildeproblem: oppfatningen om at crowdfunded helseprosjekter omgår den tradisjonelle fagfellevurderingsprosessen som gir vitenskapelige påstander troverdighet. Immunitetsprosjektet, GoBe-aktivitetssporeren og Scanadu Scout har gitt hver gyldighet til den misvisende. Mens nyetablerere søker å demokratisere medisinsk informasjon og forskning, vil det være avgjørende for dem å kunne bevise hypotesene og demonstrere potensialet i medisinene eller teknologien.

Det er også mulig at forskningsprosjekter med åpen kildekode også må finne en måte å skaffe mer penger enn de kan gjennom crowdfunding, siden det tar enorme summer å utvikle og produsere et medikament. Hvis de blir utført bra, tjener initiativer som Project Marilyn ikke bare for å demonstrere den vitenskapelige gyldigheten av et medikament eller en behandling, men kan tiltrekke seg flere forskere og investorer til prosjektet. Det kan sette i gang lovende nye forskningsområder og muligens forkorte den notorisk lange prosessen med å utvikle og teste nye medisiner og behandlinger - noe som betyr at når Yonemoto eller en annen forsker fullfører det neste viktige kreftmedisinet, kan de få den innovasjonen fra laboratoriet til ekte. -liv pasienter litt raskere.